预防南京合同纠纷的发生，可以从以下几个方面入手：
合同的约定：当事人在签订合同时，应当认真阅读合同条款，并对条款内容进行充分的沟通和协商，确保合同条款明确、合理、具有可操作性和可执行性，避免因合同条款模糊或者缺失而产生纠纷。
合同履行过程的管理：当事人在合同履行过程中，应当建立健全的管理机制，明确各自的责任和义务，及时沟通和解决问题，避免因履行不当或者违约行为而引起纠纷。
风险评估和控制：当事人在签订合同时，应当对合同涉及的风险进行评估和控制，包括合同履行期限、付款方式、违约责任等方面的风险，制定相应的风险控制措施，防范合同纠纷的发生。
合法合规经营：当事人在经营活动中，应当遵守法律法规和行业规范，避免违法违规行为，减少合同纠纷的风险。
寻求专业帮助：当事人在签订合同时，可以寻求律师或者合同专家的帮助，对合同条款进行评估和修改，降低合同纠纷的风险。
总之，预防南京合同纠纷的发生需要当事人从合同的签订、履行、风险评估和控制等多方面入手，建立健全的管理机制和风险控制措施，以避免或者减少合同纠纷的发生。