南京合同纠纷的仲裁程序和相关规定主要包括以下内容：
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仲裁机构：南京仲裁委员会是南京市地方性仲裁机构，主要负责南京地区的仲裁事务，可以受理南京合同纠纷的仲裁申请。
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仲裁协议：南京合同纠纷的当事人可以在合同中约定仲裁条款，或者在合同履行过程中达成书面仲裁协议，选择仲裁方式解决争议。
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仲裁申请：当事人可以向南京仲裁委员会递交仲裁申请书，并提交相关证据和文件。南京仲裁委员会将在收到仲裁申请书后，根据申请书的内容和法律规定进行审核，决定是否受理仲裁申请。
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仲裁庭组成：南京仲裁委员会将根据仲裁申请的内容和性质，组成合适的仲裁庭，由仲裁员主持仲裁程序。
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仲裁程序：南京仲裁委员会将根据仲裁申请的内容和仲裁协议的约定，组织双方当事人进行听证、质证、认证、辩论等活动，并在规定的时间内作出仲裁裁决。
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仲裁裁决：南京仲裁委员会将根据仲裁庭的调查和审理结果，作出仲裁裁决，并在规定的期限内将裁决书送达双方当事人。
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仲裁裁决的效力：南京仲裁裁决具有与法院判决同等的法律效力，当事人应当认真履行仲裁裁决的相关内容。
需要注意的是，南京合同纠纷的仲裁程序和相关规定可能因具体案件的不同而有所差异，当事人应当根据自身情况和案件情况选择相应的仲裁程序，并遵守相关规定和程序要求。